Ngày 28/8/2006, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã ký Nghị định số 87/2006/NĐ-CP về tổ chức và hoạt động của Thanh tra Khoa học và Công nghệ, nhằm xác định cụ thể về hệ thống tổ chức cũng như các hoạt động thanh tra về lĩnh vực này. Tổ chức Thanh tra Khoa học và Công nghệ bao gồm: Thanh tra Bộ Khoa học và Công nghệ, Thanh tra Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Thanh tra Cục Kiểm soát và An toàn bức xạ, hạt nhân và Thanh tra Sở Khoa học và Công nghệ. Thanh tra Khoa học và Công nghệ và Thanh tra viên được trang bị phương tiện, thiết bị kỹ thuật, trang phục, phù hiệu, cấp hiệu, biển hiệu. Nghiêm cấm tổ chức, cá nhân sử dụng trang phục, phù hiệu, cấp hiệu, biển hiệu tương tự, gây sự nhầm lẫn với Thanh tra Khoa học và Công nghệ.